Исчезновение Харухи Судзумии

Приближается Рождество, и на улице мороз. Кён, как и каждый день, с нетерпением ждёт весёлый день в Бригаде SOS вместе со своими одноклассниками: Микуру Асахиной, Юки Нагато, Ицуки Коидзуми и Харухи Судзумией. У Харухи, как обычно, праздничное настроение, и она приготовила много сюрпризов для друзей.

Однако обычная жизнь прерывается, когда в школе начинается эпидемия гриппа. Многие ученики заболевают и вынуждены сидеть дома. В это утро Кён не видит Харухи на её обычном месте за спиной. Но это ещё не всё. Харухи заболела и исчезла?

Сомнения и тревога охватывают всех. Начинаются поиски Харухи.