Исчезновение Юки Нагато

Действие происходит в альтернативной версии мира, созданного Нагато. Каждый персонаж сталкивается с уникальными ситуациями и борется за свое место в мире.

Главной героиней этой истории является Юки Нагато, очаровательная и интровертная девушка, которая стремится спасти литературный клуб. Ей помогают близкие друзья Рёко Асукура, которая избавилась от своей прежней психопатической натуры, и Кён, неизменно саркастичный человек. В старом мире и в новом они посвящают себя поддержке Юки.

По ходу повествования Юки встречает Микуру Асахину, очаровательного и милого персонажа, а также Цурию-сан, верную подругу Микуру.

К группе из семи человек присоединяется Харухи Судзумия, эксцентричная девушка, увлеченная инопланетянами, путешественниками во времени и эсперами. Ицуки Коидзуми, загадочный студент-переводчик, также учится в одной школе с Харухи.