Некий научный Рейлган

В Академическом городе, который является центром науки и студенчества, молодая Микото Мисака выделяется как одна из лучших эсперов, известных как «Уровни 5». Они специализируются на управлении электричеством с помощью «Рельсотрона».

Когда в городе происходит ряд странных происшествий, каждое из которых связано с таинственным устройством «Верхний уровень», по слухам, усиливающим способности эсперов, Микото и её друзья оказываются втянутыми в эту тайну.

По мере того как они углубляются в неё, становится ясно, что за блестящим фасадом города скрываются более тёмные секреты. «Toaru Kagaku no Railgun» следует за Микото и её спутниками, пока они переживают эти опасные события, обнаруживая, что за этим скрывается неожиданные опасности и сложности. По меткому выражению Микото, «здесь никогда не бывает скучно».